Τι πρέπει να γνωρίζετε
- Ένα αρχείο FNA είναι ένα αρχείο στοίχισης DNA και πρωτεϊνικής ακολουθίας μορφής FASTA.
- Ανοίξτε ένα με το Geneious.
- Μετατροπή σε FASTA και παρόμοιες μορφές με το ίδιο πρόγραμμα.
Αυτό το άρθρο εξηγεί τι είναι ένα αρχείο FNA, πώς να το ανοίξετε και πώς να αποθηκεύσετε ένα σε διαφορετική μορφή όπως FASTA, GB, VCF, εικόνες κ.λπ.
Τι είναι ένα αρχείο FNA;
Ένα αρχείο με την επέκταση αρχείου FNA είναι ένα αρχείο FASTA Format DNA and Protein Sequence Alignment που αποθηκεύει πληροφορίες DNA που μπορούν να χρησιμοποιηθούν από λογισμικό μοριακής βιολογίας.
Τα αρχεία FNA, συγκεκριμένα, μπορούν να χρησιμοποιηθούν για τη διατήρηση μόνο πληροφοριών νουκλεϊκού οξέος, ενώ άλλες μορφές FASTA περιέχουν άλλες πληροφορίες σχετικές με το DNA, όπως αυτές με τα FASTA, FAS, FA, FFN, FAA, FRN, MPFA, SEQ επεκτάσεις αρχείων, NET ή AA.
Αυτές οι μορφές FASTA που βασίζονται σε κείμενο προέκυψαν αρχικά από ένα πακέτο λογισμικού με το ίδιο όνομα, αλλά τώρα χρησιμοποιούνται ως πρότυπο σε εφαρμογές ευθυγράμμισης αλληλουχίας DNA και πρωτεϊνών.
Το FNA αναφέρεται επίσης σε ορισμένους τεχνολογικούς όρους που δεν έχουν καμία σχέση με αυτήν τη μορφή αρχείου, όπως η τελική αποδοχή δικτύου, η δυνατότητα αύξησης ονόματος/χαρακτηριστικού αρχείου, αρχιτεκτονική δικτύου Fujitsu και διαφήμιση γρήγορης γείτονας.
Πώς να ανοίξετε ένα αρχείο FNA
Ανοίξτε ένα σε Windows, macOS και Linux με το Geneious (είναι δωρεάν για 14 ημέρες). Για να το κάνετε αυτό, μεταβείτε στο μενού Αρχείο > Εισαγωγή και επιλέξτε να εισαγάγετε το αρχείο μέσω του Από Αρχείοστοιχείο μενού.
Μπορεί επίσης να ανοίξετε ένα με το BLAST Ring Image Generator (BRIG).
Δοκιμάστε το Notepad++ ή άλλο πρόγραμμα επεξεργασίας κειμένου, εάν αυτές οι ιδέες δεν λειτουργούν. Το αρχείο μπορεί πράγματι να βασίζεται σε κείμενο και να διαβάζεται απλό, ή μπορεί να διαπιστώσετε ότι δεν έχει καμία σχέση με τη μορφή FASTA, οπότε το άνοιγμα του αρχείου ως έγγραφο κειμένου μπορεί να αποκαλύψει κείμενο που προσδιορίζει τι χρησιμοποιήθηκε για τη δημιουργία του αρχείου ή σε ποια μορφή είναι το αρχείο.
Πώς να μετατρέψετε ένα αρχείο FNA
Δεν μπορούμε να το επαληθεύσουμε επειδή δεν το έχουμε δοκιμάσει, αλλά θα πρέπει να μπορείτε να χρησιμοποιήσετε το Geneious για να μετατρέψετε το αρχείο σε πολλές άλλες μορφές, όπως FASTA, GB, GENEIOUS, MEG, ACE, CSV, NEX, PHY, SAM, TSV και VCF. Αυτό μπορεί να γίνει μέσω του μενού Αρχείο > Εξαγωγή του προγράμματος.
Το ίδιο πρόγραμμα θα πρέπει επίσης να μπορεί να αποθηκεύσει το αρχείο σε PNG, JPG, EPS ή PDF, μέσω File > Αποθήκευση ως αρχείου εικόνας.
Αν και συνήθως δεν μπορείτε απλώς να μετονομάσετε την επέκταση ενός αρχείου σε κάτι άλλο και να περιμένετε να λειτουργεί με τον ίδιο τρόπο, μπορείτε να μετονομάσετε ένα αρχείο. FNA σε αρχείο. FA εάν το συγκεκριμένο λογισμικό αλληλουχίας DNA σας αναγνωρίζει μόνο η μορφή FA.
Αντί να μετονομάσετε επεκτάσεις αρχείων, θα θέλετε να χρησιμοποιήσετε έναν δωρεάν μετατροπέα αρχείων για να μετατρέψετε άλλους τύπους αρχείων. Στην περίπτωση των αρχείων FNA και FA, τυχαίνει ορισμένα προγράμματα να ανοίγουν μόνο αρχεία που έχουν την επέκταση αρχείου FA, οπότε η μετονομασία του θα πρέπει να λειτουργεί καλά.
Ακόμα δεν μπορώ να το ανοίξω;
Εάν μετά τη χρήση των προγραμμάτων από πάνω, εξακολουθείτε να μην μπορείτε να ανοίξετε το αρχείο σας, μπορεί να διαπιστώσετε ότι η επέκταση αρχείου στην πραγματικότητα δεν διαβάζει. FNA, αλλά κάτι που μοιάζει απλά.
Για παράδειγμα, τα αρχεία FNG (Font Navigator Group) μοιάζουν πολύ σαν να λένε ". FNA", αλλά αν κοιτάξετε προσεκτικά, μόνο τα δύο πρώτα γράμματα είναι ίδια. Επειδή οι επεκτάσεις αρχείων είναι διαφορετικές, είναι ένδειξη ότι έχουν διαφορετική μορφή αρχείου και πιθανότατα δεν θα λειτουργούν με τα ίδια προγράμματα.
Το ίδιο θα μπορούσε να ειπωθεί για πολλές άλλες επεκτάσεις αρχείων όπως FAX, FAS (Compiled Fast-Load AutoLISP), FAT, FNTA (Aleph One Font), FNC (Vue Functions) και FND (Windows Saved Search).
Η ιδέα εδώ είναι απλώς να βεβαιωθείτε ότι η επέκταση αρχείου γράφει. FNA. Εάν το κάνει, δοκιμάστε ξανά να χρησιμοποιήσετε τα προγράμματα από πάνω για να το ανοίξετε ή να το μετατρέψετε. Εάν έχετε διαφορετικό είδος αρχείου, αναζητήστε την επέκτασή του για να μάθετε ποιες εφαρμογές χρειάζονται για να το ανοίξετε ή να το μετατρέψετε.
Συχνές Ερωτήσεις
Πώς ανοίγετε ένα αρχείο FNA στην Python;
Αρχικά, μετατρέψτε το αρχείο FNA σε μορφή FASTA χρησιμοποιώντας μια εφαρμογή τρίτου κατασκευαστή, όπως το Geneious. Στη συνέχεια, μπορείτε να κατεβάσετε το Biopython, ένα σύνολο από ελεύθερα διαθέσιμα εργαλεία για βιολογικούς υπολογισμούς για εργασία στη βιοπληροφορική. Τέλος, ανατρέξτε στο Βιβλίο Μαγειρικής και στο Βιβλίο Μαγειρικής του Biopython για οδηγίες σχετικά με την εργασία με αρχεία FASTA.
Πώς μπορώ να βρω τους αριθμούς του κατασκευαστή FNA σε ένα ακατέργαστο αρχείο Ancestry;
Μπορείτε να κάνετε λήψη των περισσότερων δεδομένων DNA από το Ancestry.com σε μορφή.txt. Ωστόσο, μόνο πελάτες των οποίων το DNA αναλύθηκε με αλληλουχία επόμενης γενιάς (NGS) έχουν την επιλογή να κατεβάσουν ένα αρχείο VCF. Για να κάνετε λήψη ενός αρχείου VCF, πρέπει να είστε ο κάτοχος του DNA, να έχετε υποβληθεί σε έλεγχο DNA με χρήση τεχνολογίας NGS και να έχετε τουλάχιστον 350 MB διαθέσιμο χώρο στη συσκευή σας.
