Τι πρέπει να γνωρίζετε
- Μερικά αρχεία PDB είναι αρχεία βάσης δεδομένων προγραμμάτων.
- Ανοίξτε ένα με ένα πρόγραμμα επεξεργασίας κειμένου ή ένα πρόγραμμα όπως το Geneious.
- Μετατροπή σε άλλη μορφή με το ίδιο πρόγραμμα που ανοίγει το συγκεκριμένο αρχείο βάσης δεδομένων.
Αυτό το άρθρο εξηγεί τι είναι ένα αρχείο PDB, πώς να ανοίξετε ένα και πώς να το μετατρέψετε σε διαφορετική μορφή.
Τι είναι ένα αρχείο PDB;
Ένα αρχείο με την επέκταση αρχείου PDB είναι πιθανότατα ένα αρχείο βάσης δεδομένων προγράμματος που χρησιμοποιείται για τη διατήρηση πληροφοριών εντοπισμού σφαλμάτων σχετικά με ένα πρόγραμμα ή λειτουργική μονάδα, όπως ένα αρχείο DLL ή EXE. Μερικές φορές ονομάζονται αρχεία συμβόλων.
Το αρχείο αντιστοιχίζει διάφορα στοιχεία και δηλώσεις στον πηγαίο κώδικα στο τελικό μεταγλωττισμένο προϊόν του, το οποίο ο εντοπιστής σφαλμάτων μπορεί στη συνέχεια να χρησιμοποιήσει για να βρει το αρχείο προέλευσης και τη θέση στο εκτελέσιμο αρχείο στο οποίο θα πρέπει να σταματήσει τη διαδικασία εντοπισμού σφαλμάτων.
Ορισμένα αρχεία PDB ενδέχεται να έχουν τη μορφή αρχείου Protein Data Bank. Αυτά είναι αρχεία απλού κειμένου που αποθηκεύουν συντεταγμένες σχετικά με τις δομές πρωτεΐνης.
Μπορεί να δημιουργηθούν άλλα αρχεία PDB σε μορφή αρχείου Palm Database ή PalmDOC και να χρησιμοποιηθούν με το λειτουργικό σύστημα κινητού PalmOS. Ορισμένα αρχεία αυτής της μορφής χρησιμοποιούν την επέκταση αρχείου. PRC. Μια άλλη μορφή που χρησιμοποιεί την ίδια επέκταση είναι το Tanida Demo Builder.
Πώς να ανοίξετε ένα αρχείο PDB
Διαφορετικά προγράμματα χρησιμοποιούν το δικό τους αρχείο PDB για την αποθήκευση δεδομένων σε κάποιο είδος δομημένης μορφής βάσης δεδομένων, επομένως κάθε εφαρμογή χρησιμοποιείται για να ανοίξει τον δικό της τύπο.
Geneious, Quicken, Visual Studio και Pegasus είναι μερικά μόνο παραδείγματα προγραμμάτων που ενδέχεται να χρησιμοποιούν το αρχείο ως αρχείο βάσης δεδομένων. Το Radare και το PDBparse μπορεί επίσης να λειτουργήσουν.
Ορισμένα αρχεία PDB αποθηκεύονται ως απλό κείμενο, όπως τα αρχεία της βάσης δεδομένων εντοπισμού σφαλμάτων του προγράμματος Geneious, και είναι εντελώς αναγνώσιμα από τον άνθρωπο, εάν ανοιχτούν σε πρόγραμμα επεξεργασίας κειμένου. Μπορείτε να ανοίξετε αυτό το είδος αρχείου PDB με οποιοδήποτε πρόγραμμα που μπορεί να διαβάσει έγγραφα κειμένου, όπως το ενσωματωμένο πρόγραμμα Σημειωματάριο στα Windows. Ορισμένα άλλα συμβατά προγράμματα προβολής και επεξεργασίας περιλαμβάνουν το Notepad++ και τα Brackets.
Άλλα αρχεία PDB δεν είναι έγγραφα κειμένου και είναι χρήσιμα μόνο όταν ανοίγονται με το πρόγραμμα για το οποίο προορίζονται. Για παράδειγμα, εάν το δικό σας σχετίζεται με κάποιο τρόπο με το Quicken, δοκιμάστε να χρησιμοποιήσετε αυτό το λογισμικό για να το προβάλετε ή να το επεξεργαστείτε. Το Visual Studio αναμένει να δει ένα αρχείο PDB στον ίδιο φάκελο με το αρχείο DLL ή EXE.
Μπορείτε να προβάλετε και να επεξεργαστείτε αρχεία Protein Data Bank σε Windows, Linux και macOS με το Avogadro. Αυτά τα προγράμματα μπορούν επίσης να ανοίξουν το αρχείο: Jmol, RasMol, QuickPDB και USCF Chimera. Επειδή πρόκειται για απλό κείμενο, μπορείτε να ανοίξετε ένα και σε ένα πρόγραμμα επεξεργασίας κειμένου.
Το Palm Desktop θα πρέπει να μπορεί να ανοίξει αυτό το αρχείο εάν είναι σε μορφή αρχείου Palm Database, αλλά ίσως χρειαστεί να το μετονομάσετε πρώτα για να έχετε την επέκταση αρχείου PRC για να το αναγνωρίσει αυτό το πρόγραμμα. Το Caliber είναι μια άλλη επιλογή.
Για να ανοίξετε ένα αρχείο PDB PalmDOC, δοκιμάστε το STDU Viewer.
Tanida Demo Builder ανοίγει αρχεία σε αυτήν τη μορφή.
Πώς να μετατρέψετε ένα αρχείο PDB
Τα αρχεία βάσης δεδομένων προγράμματος δεν μπορούν πιθανότατα να μετατραπούν σε διαφορετική μορφή αρχείου, τουλάχιστον όχι με ένα κανονικό εργαλείο μετατροπής αρχείων. Αντίθετα, εάν υπάρχει κάποια εφαρμογή που μπορεί να μετατρέψει αυτό το είδος αρχείου, θα ήταν το ίδιο πρόγραμμα που μπορεί να το ανοίξει.
Για παράδειγμα, εάν πρέπει να μετατρέψετε το αρχείο της βάσης δεδομένων σας από το Quicken, δοκιμάστε να χρησιμοποιήσετε αυτό το πρόγραμμα για να το κάνετε. Αυτός ο τύπος μετατροπής, ωστόσο, πιθανότατα όχι μόνο είναι ελάχιστα χρήσιμος αλλά και δεν υποστηρίζεται σε αυτές τις εφαρμογές βάσης δεδομένων (δηλαδή, πιθανότατα δεν χρειάζεται να μετατρέψετε αυτό το είδος αρχείου PDB σε οποιαδήποτε άλλη μορφή).
Τα αρχεία Protein Data Bank μπορούν να μετατραπούν σε άλλες μορφές με το MeshLab. Για να το κάνετε αυτό, ίσως χρειαστεί πρώτα να το μετατρέψετε σε WRL με PyMOL από το File > Αποθήκευση εικόνας ως > VRML μενού και, στη συνέχεια, εισαγάγετε το αρχείο WRL στο MeshLab και χρησιμοποιήστε το μενού File > Εξαγωγή Mesh As για να μετατρέψετε τελικά το αρχείο PDB σε STL ή άλλη μορφή αρχείου.
Εάν δεν χρειάζεστε το μοντέλο να είναι έγχρωμο, μπορείτε να εξαγάγετε το αρχείο απευθείας στο STL με USCF Chimera (ο σύνδεσμος λήψης βρίσκεται παραπάνω). Διαφορετικά, μπορείτε να χρησιμοποιήσετε την ίδια μέθοδο όπως παραπάνω (με MeshLab) για να μετατρέψετε το PDB σε WRL με USCF Chimera και, στη συνέχεια, να εξαγάγετε το WRL σε STL με το MeshLab.
Η μετατροπή PDB σε PDF ή EPUB, εάν έχετε ένα αρχείο PalmDOC, είναι δυνατή με διάφορους τρόπους, αλλά ο ευκολότερος είναι πιθανώς να χρησιμοποιήσετε έναν διαδικτυακό μετατροπέα όπως το Zamzar. Μπορείτε να ανεβάσετε το αρχείο σας σε αυτόν τον ιστότοπο για να έχετε την επιλογή να το μετατρέψετε σε αυτές τις μορφές καθώς και σε AZW3, FB2, MOBI, PML, PRC, TXT και άλλες μορφές αρχείων eBook.
Η μετατροπή ενός σε μορφή FASTA μπορεί να γίνει με τον διαδικτυακό μετατροπέα PDB σε FASTA της Meiler Lab.
Είναι επίσης δυνατό να αποθηκεύσετε αυτό το αρχείο σε CIF (μορφή κρυσταλλογραφικών πληροφοριών) στο διαδίκτυο χρησιμοποιώντας PDBx/mmCIF.
Ακόμα δεν μπορώ να το ανοίξω;
Τα αρχεία που δεν ανοίγουν με κανένα από τα παραπάνω εργαλεία, πιθανότατα δεν είναι στην πραγματικότητα αρχεία PDB. Αυτό που μπορεί να συμβαίνει είναι ότι δεν διαβάζετε σωστά την επέκταση αρχείου. ορισμένες μορφές χρησιμοποιούν ένα επίθημα που μοιάζει πολύ με το PDB, όταν είναι πραγματικά άσχετες και δεν λειτουργούν το ίδιο.
Για παράδειγμα, ένα αρχείο PDF είναι ένα αρχείο εγγράφου, αλλά τα περισσότερα από τα παραπάνω προγράμματα δεν θα αποδώσουν σωστά το κείμενο ή/και τις εικόνες εάν προσπαθήσετε να ανοίξετε ένα με αυτά τα προγράμματα λογισμικού. Το ίδιο ισχύει και για άλλα αρχεία με παρόμοια γραφή επεκτάσεων αρχείων, όπως αρχεία DBF, DB, ADP, PD, PDE, PDC, PDO και WPD.
Το PBD είναι ένα άλλο που ανήκει στο πρόγραμμα EaseUS Todo Backup και επομένως είναι χρήσιμο μόνο όταν ανοίγεται με αυτό το λογισμικό.
Αν δεν έχετε αρχείο PDB, ψάξτε την επέκταση αρχείου που έχει το αρχείο σας, ώστε να βρείτε το κατάλληλο πρόγραμμα που το ανοίγει ή το μετατρέπει.
Σύνθετη ανάγνωση σε αρχεία PDB
Μπορείτε να διαβάσετε πολλά περισσότερα σχετικά με τα αρχεία βάσης δεδομένων προγραμμάτων από το GitHub και το Wintellect.
Υπάρχουν επίσης περισσότερα για να μάθετε για τα αρχεία Protein Data Bank. βλέπε Worldwide Protein Data Bank και RCSB PDB.
Συχνές ερωτήσεις
- Πώς μπορώ να το διορθώσω όταν το Visual Studio δεν μπορεί να βρει ή να ανοίξει αρχεία PDB; Εάν δείτε ένα μήνυμα που αναφέρει ότι το Visual Studio δεν μπορεί να βρει ή να ανοίξει το αρχείο PDB, δοκιμάστε χρησιμοποιώντας το εργαλείο εντοπισμού σφαλμάτων του Visual Studio. Μεταβείτε στο Tools > Επιλογές > Εντοπισμός σφαλμάτων > Symbols επιλέξτε Διακομιστές συμβόλων της Microsoft
- Πώς μπορώ να ανοίξω ένα αρχείο PDB στο Android; Για να ανοίξετε ένα αρχείο PDB στο Android, χρησιμοποιήστε ένα πρόγραμμα ανάγνωσης αρχείων τρίτου κατασκευαστή. Κάντε λήψη της εφαρμογής Cool Reader ή οποιουδήποτε άλλου αναγνώστη που υποστηρίζεται από αρχείο PDB στο Google Play.
